07-2011 - MO640 - Questão para prova oral

De acordo com os papers “An Eulerian path approach to DNA fragment assembly” e “CAP3: A DNA Sequence Assembly Program”, “chimeric reads” são problemas que devem ser identificados e removidos para uma boa qualidade da montagem de fragmentos. O que são “chimeric reads”?

1. São várias regiões repetidas presentes na sequência;
2. São regiões de baixa qualidade do genoma ou contaminantes;
3. São reads de locais diferentes que se juntam e formam um novo read;
4. São contigs que são produzidos com tamanhos abaixo da métrica N50;
5. NDA.

06-2011 - MO640 - Questão para prova oral

Para obter o melhor alinhamento que não cobre por buracos iniciais em s1, obtendo o melhor alinhamento normal entre s1 e um sufixo de s2, seria necessário:

1. não cobrar por buracos nas extremidades para se obter o melhor alinhamento normal;
2. inicializar a primeira linha da matriz com zeros e prosseguir com o algoritmo básico;
3. o valor de a[i,j] sempre deverá ser a[i-1, j-1]+p(i,j) para se obter um melhor alinhamento normal;
4. utilizar um algoritmo de alinhamento global para obter o melhor alinhamento normal;
5. NDA

05-2011 - MO640 - Questão para prova oral

De acordo com o relatório técnico Construção incremental de árvores PQR, no algoritmo incremental, encontramos a função preparar_raiz(r). O que exatamente esta função faz dentro do algoritmo?

1. verifica se r é um nó do tipo P e, se for, transforma o nó P em nó Q;
2. verifica se r é um nó do tipo P e, se for, move os filhos para fora da raiz;
3. verifica se r é um nó do tipo P e, se for, une os filhos negros;
4. verifica se r é um nó do tipo P e, se for, reverte condicionalmente os nós cinza;
5. NDA.