06-2011 - MO640 - Questão para prova oral

Para obter o melhor alinhamento que não cobre por buracos iniciais em s1, obtendo o melhor alinhamento normal entre s1 e um sufixo de s2, seria necessário:

1. não cobrar por buracos nas extremidades para se obter o melhor alinhamento normal;
2. inicializar a primeira linha da matriz com zeros e prosseguir com o algoritmo básico;
3. o valor de a[i,j] sempre deverá ser a[i-1, j-1]+p(i,j) para se obter um melhor alinhamento normal;
4. utilizar um algoritmo de alinhamento global para obter o melhor alinhamento normal;
5. NDA