13-2011 - MO640 - Questão para a prova oral

Dada a pertumação α =(-5,+3,-1,+4,-2), qual dos diagramas abaixo, Reality and Desire Diagram, que melhor representa RDβ(α)? 

a.

b.

c.

d.

e. NDA

12-2011 - MO640 - Questão para a prova oral

De acordo com o texto "Efficient sorting of genomic permutations by translocation, inversion and block interchange", é possível dividir e fundir CIs para absorvê-los em um cromossomo linear através de um DCJ (double-cut-and-join) adequado. As fases realizadas para resultar o cromossomo linear são, em ordem:

1. 0-Nivelamento de pontas, 1-Translocação, 2-Inversão e 3-Troca de blocos;
2. 1-Translocação, 2-Inversão e 3-Troca de blocos;
3. 0-Translocação, 1-fissão/fusão, 2-Inversão e 3-Troca de blocos ;
4. 1-Translocação, 2-fissão/fusão e 3-Troca de blocos;
5. NDA.

11-2011 - MO640 - Questão para a prova oral

De acordo com o texto “Genome Rearrangements ” de Meidanis(2004), um genoma pode sofrer várias mutações durante um intervalo de tempo t de evolução. Dados dois genomas, A e A', para comparação, identifique os eventos de rearranjo que transformaram A em A'.

       ______  ________   _________  _ _____

A =GATAAATCTGGTCTTATTTCCAAACAACTTCGTAAGGTTA
A'=GATAGTCTAAGTTTTCCTTACAATCGCTACAATAAATAGGT

1. uma inserção, uma troca de blocos, uma deleção e duas transposições;
2. uma inserção, uma troca de blocos, uma reversão e duas transposições;
3. uma inserção, duas trocas de blocos, uma deleção e uma transposição;
4. uma inserção, uma troca de blocos, uma fusão e uma transposição;
5. NDA.

10-2011 - MO640 - Questão para a prova oral

De acordo com o texto Haplotype Inference , quanto aos três primeiros algoritmos para resolver o problema Perfect Phylogeny Haplotype, é correto afirmar:

1. O primeiro algoritmo para resolver o problema Perfect Phylogeny Haplotype é chamado de LPPH. Seu tempo de execução teórica inicial é O(nmα (nm)), onde α é a função inversa de Ackerman, geralmente considerado como sendo uma constante na prática;

2. O segundo algoritmo para resolver o problema Perfect Phylogeny Haplotype é chamado de BPPH. Esse algoritmo possui o pior caso de tempo de O(nm²) e pode ser usado para localizar e representar todas as soluções;

3. O terceiro algoritmo para resolver o problema Perfect Phylogeny Haplotype é chamado de DPPH. Esse algoritmo possui o pior caso de tempo de O(nm²) e pode ser usado para localizar e representar todas as soluções;

4. Os três algoritmos possuem, no pior caso de tempo, O(nm²).

5. NDA.

09-2011 - MO640 - Questão para prova oral

Considerando X(t), Y(t) e Z(t), as probabilidades de, após um tempo t, uma base permanecer igual, mutar para outra do mesmo grupo, e mutar para outra de grupo diferente, respectivamente, definidas como na tese de mestrado de Quitzau, os modelos Jukes-Cantor e Kimura para cálculo da distância e as sequências a seguir, encontre a alternativa INCORRETA.

TCAGGACAATCGCATTCAGGTACTG

TGCTTACAAATGAACTGTAATTTAG

1. O cálculo das distâncias para as sequências acima, nos dois modelos, são exatamente iguais pois, a quantidade de transversões é exatamente o dobro da quantidade de transições;

2. X ≥ 0.5 e Z ≤ 0.25

3. O número de transições, normalmente, deveria ser maior que o número de transversões, o que não ocorre na comparação entre estas duas sequências;

4. Os valores das distâncias dos modelos de Jukes-Cantos e Kimura nunca serão os mesmos pois possuem diferenças que levam em conta as quantidades de transições e transversões;

5. NDA.

08-2011 - MO640 - Questão para prova oral

No Modelo de Dois Parâmetros de Kimura, é apresentada uma equação para cada uma das situações analisadas. A primeira situação, Os Nucleotídeos Não Diferem, é aquela em que um nucleotídeo, em determinada posição da sequência final, não difere do nucleotídeo na mesma posição da sequência inicial. Existem quatro cenários para esta situação onde, para cada qual, há uma equação diferente para o cálculo da probabilidade deste ocorrer. Dados os cenários abaixo, identifique as equações que correspondem a cada um deles.

Cenário 1. Os nucleotídeos observados nos três instantes (t0 , t e t + ∆t) são do mesmo tipo. 

Cenário 2. Apesar de ter iniciado com o mesmo tipo de nucleotídeo encontrado na sequência final, a posição é ocupada por um nucleotídeo que não pertence ao mesmo grupo do nucleotídeo observado no instante t. 

Cenário 3. Apesar de ter iniciado com o mesmo tipo de nucleotídeo encontrado na sequência final, a posição apresenta o outro nucleotídeo do mesmo grupo no instante t. 

Cenário 4. Apesar de ter iniciado com o mesmo tipo de nucleotídeo encontrado na sequência final, a posição é ocupada por um nucleotídeo que não pertence ao mesmo grupo do nucleotídeo observado no instante t, mas o tipo diferente do nucleotídeo encontrado no cenário 2.

a) P(t + ∆t) = αY (t), 

     P(t + ∆t) = βZ(t),

     P(t + ∆t) = (1 − α − 2β)X(t) e

     P(t + ∆t) = P₂(t + ∆t) = βZ(t)

b) P(t + ∆t) = P₂(t + ∆t) = βZ(t), 

     P(t + ∆t) = αY (t), 

     P(t + ∆t) = βZ(t) e 

     P(t + ∆t) = (1 − α − 2β)X(t)

c) P(t + ∆t) = (1 − α − 2β)X(t), 

     P(t + ∆t) = βZ(t), 

     P(t + ∆t) = αY (t) e 

     P(t + ∆t) = P₂(t + ∆t) = βZ(t)

d) P(t + ∆t) = βZ(t), 

     P(t + ∆t) = αY (t), 

     P(t + ∆t) = P₂(t + ∆t) = βZ(t) e 

     P(t + ∆t) = (1 − α − 2β)X(t) 

e) NDA.

07-2011 - MO640 - Questão para prova oral

De acordo com os papers “An Eulerian path approach to DNA fragment assembly” e “CAP3: A DNA Sequence Assembly Program”, “chimeric reads” são problemas que devem ser identificados e removidos para uma boa qualidade da montagem de fragmentos. O que são “chimeric reads”?

1. São várias regiões repetidas presentes na sequência;
2. São regiões de baixa qualidade do genoma ou contaminantes;
3. São reads de locais diferentes que se juntam e formam um novo read;
4. São contigs que são produzidos com tamanhos abaixo da métrica N50;
5. NDA.