07-2011 - MO640 - Questão para prova oral

De acordo com os papers “An Eulerian path approach to DNA fragment assembly” e “CAP3: A DNA Sequence Assembly Program”, “chimeric reads” são problemas que devem ser identificados e removidos para uma boa qualidade da montagem de fragmentos. O que são “chimeric reads”?

1. São várias regiões repetidas presentes na sequência;
2. São regiões de baixa qualidade do genoma ou contaminantes;
3. São reads de locais diferentes que se juntam e formam um novo read;
4. São contigs que são produzidos com tamanhos abaixo da métrica N50;
5. NDA.

06-2011 - MO640 - Questão para prova oral

Para obter o melhor alinhamento que não cobre por buracos iniciais em s1, obtendo o melhor alinhamento normal entre s1 e um sufixo de s2, seria necessário:

1. não cobrar por buracos nas extremidades para se obter o melhor alinhamento normal;
2. inicializar a primeira linha da matriz com zeros e prosseguir com o algoritmo básico;
3. o valor de a[i,j] sempre deverá ser a[i-1, j-1]+p(i,j) para se obter um melhor alinhamento normal;
4. utilizar um algoritmo de alinhamento global para obter o melhor alinhamento normal;
5. NDA

05-2011 - MO640 - Questão para prova oral

De acordo com o relatório técnico Construção incremental de árvores PQR, no algoritmo incremental, encontramos a função preparar_raiz(r). O que exatamente esta função faz dentro do algoritmo?

1. verifica se r é um nó do tipo P e, se for, transforma o nó P em nó Q;
2. verifica se r é um nó do tipo P e, se for, move os filhos para fora da raiz;
3. verifica se r é um nó do tipo P e, se for, une os filhos negros;
4. verifica se r é um nó do tipo P e, se for, reverte condicionalmente os nós cinza;
5. NDA.

04-2011 - MO640 - sobre PQ, PQR e PQR in almost-linear

Segundo o relatório técnico Construção incremental de árvores PQR de Zanetti e Meidanis, em geral representamos árvores PQR indicando o tipo de nó pelo seu formato: nó P por um círculo, nó Q por retângulo e nó R por um círculo com a letra R. Dentre as alternativas abaixo, qual não podemos afirmar que:

1. uma árvore PQ é uma árvore PQR sem nós R e representa todas as permutaçõe válidas para um conjunto U e uma coleção C de subconjuntos de U;
   
2. a subárvore pertinente em relação a um conjunto C é a subárvore de altura mínima cuja fronteira contém todos os elementos de C;
   
3. a fronteira de uma árvore PQR é a sua permutação de U obtida lendo as folhas da árvore da esquerda para a direita, podendo sofrer permutação arbitrária em um nó P ou Q;
   
4. podemos encontrar o fecho de uma árvore PQR T, definindo três coleções relavivas a um nó v de T: Trivial(v), Consec(v) e Pot(v) sendo que esta última possui um conjunto arbitrário de filhos de v;
   
5. NDA.

03-2011 - MO640 - Questão (PQ/PQR)

Dada a árvore abaixo, analise:





I - É obrigatóriamente uma árvore PQR;
II - É uma árvore PQ;
III - É uma árvore PQR e possui exatamente 192 árvores na classe de equivalência;
IV - É uma árvore PQ de norma 9, 2 nós Q e 3 nós P;

É possível afirmar que:

      a) As alternativas I e II estão corretas;
      b) As alternativas I, II e III estão corretas;
      c) As alternativas I, II, III e IV estão corretas;
      d) Apenas a alternativa IV está correta;
      e) NDA.

02-2011 - MO640 - Questão para a prova oral

De acordo com o artigo do Benzer, a figura abaixo mostra uma sequência de seis possíveis mutações de um vírus em seu experimento. Os mutantes em que ocorrem sobreposição entre as partes mutadas não conseguem se reproduzir na cepa da bactéria utilizada quando misturadas. Assinale qual alternativa não está correta:

     a. Os mutantes um, dois e três conseguem se reproduzir;
     b. Os mutantes um, três e quatro não conseguem se reproduzir;
     c. Os mutantes dois, quatro e seis conseguem se reproduzir;
     d. Os mutantes um, dois, quatro e seis não conseguem se reproduzir;
     e. NDA

01-2011 - MO640 - Questão para a prova oral

Existe um processo que pode ocorrer, e geralmente ocorre na formação dos gametas, que se chama crossing-over.

1. Este processo ocorre apenas durante a mitose;
2. Este processo é conhecido como recombinação e significa a troca de material genético entre os cromossomos homólogos;
3. Este processo normalmente ocorre na meiose;
4. Este processo garante que o DNA de uma célula seja replicado e transferido para uma nova célula para que contenham material genético idêntico uma da outra.

1. Apenas a alternativa I está correta;
2. Alternativas I e II estão corretas;
3. Alternativas II e III estão corretas;
4. Alternativas III e IV estão corretas;
5. NDA.