13-2011 - MO640 - Questão para a prova oral

Dada a pertumação α =(-5,+3,-1,+4,-2), qual dos diagramas abaixo, Reality and Desire Diagram, que melhor representa RDβ(α)? 

a.

b.

c.

d.

e. NDA

12-2011 - MO640 - Questão para a prova oral

De acordo com o texto "Efficient sorting of genomic permutations by translocation, inversion and block interchange", é possível dividir e fundir CIs para absorvê-los em um cromossomo linear através de um DCJ (double-cut-and-join) adequado. As fases realizadas para resultar o cromossomo linear são, em ordem:

1. 0-Nivelamento de pontas, 1-Translocação, 2-Inversão e 3-Troca de blocos;
2. 1-Translocação, 2-Inversão e 3-Troca de blocos;
3. 0-Translocação, 1-fissão/fusão, 2-Inversão e 3-Troca de blocos ;
4. 1-Translocação, 2-fissão/fusão e 3-Troca de blocos;
5. NDA.

11-2011 - MO640 - Questão para a prova oral

De acordo com o texto “Genome Rearrangements ” de Meidanis(2004), um genoma pode sofrer várias mutações durante um intervalo de tempo t de evolução. Dados dois genomas, A e A', para comparação, identifique os eventos de rearranjo que transformaram A em A'.

       ______  ________   _________  _ _____

A =GATAAATCTGGTCTTATTTCCAAACAACTTCGTAAGGTTA
A'=GATAGTCTAAGTTTTCCTTACAATCGCTACAATAAATAGGT

1. uma inserção, uma troca de blocos, uma deleção e duas transposições;
2. uma inserção, uma troca de blocos, uma reversão e duas transposições;
3. uma inserção, duas trocas de blocos, uma deleção e uma transposição;
4. uma inserção, uma troca de blocos, uma fusão e uma transposição;
5. NDA.

10-2011 - MO640 - Questão para a prova oral

De acordo com o texto Haplotype Inference , quanto aos três primeiros algoritmos para resolver o problema Perfect Phylogeny Haplotype, é correto afirmar:

1. O primeiro algoritmo para resolver o problema Perfect Phylogeny Haplotype é chamado de LPPH. Seu tempo de execução teórica inicial é O(nmα (nm)), onde α é a função inversa de Ackerman, geralmente considerado como sendo uma constante na prática;

2. O segundo algoritmo para resolver o problema Perfect Phylogeny Haplotype é chamado de BPPH. Esse algoritmo possui o pior caso de tempo de O(nm²) e pode ser usado para localizar e representar todas as soluções;

3. O terceiro algoritmo para resolver o problema Perfect Phylogeny Haplotype é chamado de DPPH. Esse algoritmo possui o pior caso de tempo de O(nm²) e pode ser usado para localizar e representar todas as soluções;

4. Os três algoritmos possuem, no pior caso de tempo, O(nm²).

5. NDA.

09-2011 - MO640 - Questão para prova oral

Considerando X(t), Y(t) e Z(t), as probabilidades de, após um tempo t, uma base permanecer igual, mutar para outra do mesmo grupo, e mutar para outra de grupo diferente, respectivamente, definidas como na tese de mestrado de Quitzau, os modelos Jukes-Cantor e Kimura para cálculo da distância e as sequências a seguir, encontre a alternativa INCORRETA.

TCAGGACAATCGCATTCAGGTACTG

TGCTTACAAATGAACTGTAATTTAG

1. O cálculo das distâncias para as sequências acima, nos dois modelos, são exatamente iguais pois, a quantidade de transversões é exatamente o dobro da quantidade de transições;

2. X ≥ 0.5 e Z ≤ 0.25

3. O número de transições, normalmente, deveria ser maior que o número de transversões, o que não ocorre na comparação entre estas duas sequências;

4. Os valores das distâncias dos modelos de Jukes-Cantos e Kimura nunca serão os mesmos pois possuem diferenças que levam em conta as quantidades de transições e transversões;

5. NDA.

08-2011 - MO640 - Questão para prova oral

No Modelo de Dois Parâmetros de Kimura, é apresentada uma equação para cada uma das situações analisadas. A primeira situação, Os Nucleotídeos Não Diferem, é aquela em que um nucleotídeo, em determinada posição da sequência final, não difere do nucleotídeo na mesma posição da sequência inicial. Existem quatro cenários para esta situação onde, para cada qual, há uma equação diferente para o cálculo da probabilidade deste ocorrer. Dados os cenários abaixo, identifique as equações que correspondem a cada um deles.

Cenário 1. Os nucleotídeos observados nos três instantes (t0 , t e t + ∆t) são do mesmo tipo. 

Cenário 2. Apesar de ter iniciado com o mesmo tipo de nucleotídeo encontrado na sequência final, a posição é ocupada por um nucleotídeo que não pertence ao mesmo grupo do nucleotídeo observado no instante t. 

Cenário 3. Apesar de ter iniciado com o mesmo tipo de nucleotídeo encontrado na sequência final, a posição apresenta o outro nucleotídeo do mesmo grupo no instante t. 

Cenário 4. Apesar de ter iniciado com o mesmo tipo de nucleotídeo encontrado na sequência final, a posição é ocupada por um nucleotídeo que não pertence ao mesmo grupo do nucleotídeo observado no instante t, mas o tipo diferente do nucleotídeo encontrado no cenário 2.

a) P(t + ∆t) = αY (t), 

     P(t + ∆t) = βZ(t),

     P(t + ∆t) = (1 − α − 2β)X(t) e

     P(t + ∆t) = P₂(t + ∆t) = βZ(t)

b) P(t + ∆t) = P₂(t + ∆t) = βZ(t), 

     P(t + ∆t) = αY (t), 

     P(t + ∆t) = βZ(t) e 

     P(t + ∆t) = (1 − α − 2β)X(t)

c) P(t + ∆t) = (1 − α − 2β)X(t), 

     P(t + ∆t) = βZ(t), 

     P(t + ∆t) = αY (t) e 

     P(t + ∆t) = P₂(t + ∆t) = βZ(t)

d) P(t + ∆t) = βZ(t), 

     P(t + ∆t) = αY (t), 

     P(t + ∆t) = P₂(t + ∆t) = βZ(t) e 

     P(t + ∆t) = (1 − α − 2β)X(t) 

e) NDA.

07-2011 - MO640 - Questão para prova oral

De acordo com os papers “An Eulerian path approach to DNA fragment assembly” e “CAP3: A DNA Sequence Assembly Program”, “chimeric reads” são problemas que devem ser identificados e removidos para uma boa qualidade da montagem de fragmentos. O que são “chimeric reads”?

1. São várias regiões repetidas presentes na sequência;
2. São regiões de baixa qualidade do genoma ou contaminantes;
3. São reads de locais diferentes que se juntam e formam um novo read;
4. São contigs que são produzidos com tamanhos abaixo da métrica N50;
5. NDA.

06-2011 - MO640 - Questão para prova oral

Para obter o melhor alinhamento que não cobre por buracos iniciais em s1, obtendo o melhor alinhamento normal entre s1 e um sufixo de s2, seria necessário:

1. não cobrar por buracos nas extremidades para se obter o melhor alinhamento normal;
2. inicializar a primeira linha da matriz com zeros e prosseguir com o algoritmo básico;
3. o valor de a[i,j] sempre deverá ser a[i-1, j-1]+p(i,j) para se obter um melhor alinhamento normal;
4. utilizar um algoritmo de alinhamento global para obter o melhor alinhamento normal;
5. NDA

05-2011 - MO640 - Questão para prova oral

De acordo com o relatório técnico Construção incremental de árvores PQR, no algoritmo incremental, encontramos a função preparar_raiz(r). O que exatamente esta função faz dentro do algoritmo?

1. verifica se r é um nó do tipo P e, se for, transforma o nó P em nó Q;
2. verifica se r é um nó do tipo P e, se for, move os filhos para fora da raiz;
3. verifica se r é um nó do tipo P e, se for, une os filhos negros;
4. verifica se r é um nó do tipo P e, se for, reverte condicionalmente os nós cinza;
5. NDA.

04-2011 - MO640 - sobre PQ, PQR e PQR in almost-linear

Segundo o relatório técnico Construção incremental de árvores PQR de Zanetti e Meidanis, em geral representamos árvores PQR indicando o tipo de nó pelo seu formato: nó P por um círculo, nó Q por retângulo e nó R por um círculo com a letra R. Dentre as alternativas abaixo, qual não podemos afirmar que:

1. uma árvore PQ é uma árvore PQR sem nós R e representa todas as permutaçõe válidas para um conjunto U e uma coleção C de subconjuntos de U;
   
2. a subárvore pertinente em relação a um conjunto C é a subárvore de altura mínima cuja fronteira contém todos os elementos de C;
   
3. a fronteira de uma árvore PQR é a sua permutação de U obtida lendo as folhas da árvore da esquerda para a direita, podendo sofrer permutação arbitrária em um nó P ou Q;
   
4. podemos encontrar o fecho de uma árvore PQR T, definindo três coleções relavivas a um nó v de T: Trivial(v), Consec(v) e Pot(v) sendo que esta última possui um conjunto arbitrário de filhos de v;
   
5. NDA.

03-2011 - MO640 - Questão (PQ/PQR)

Dada a árvore abaixo, analise:





I - É obrigatóriamente uma árvore PQR;
II - É uma árvore PQ;
III - É uma árvore PQR e possui exatamente 192 árvores na classe de equivalência;
IV - É uma árvore PQ de norma 9, 2 nós Q e 3 nós P;

É possível afirmar que:

      a) As alternativas I e II estão corretas;
      b) As alternativas I, II e III estão corretas;
      c) As alternativas I, II, III e IV estão corretas;
      d) Apenas a alternativa IV está correta;
      e) NDA.

02-2011 - MO640 - Questão para a prova oral

De acordo com o artigo do Benzer, a figura abaixo mostra uma sequência de seis possíveis mutações de um vírus em seu experimento. Os mutantes em que ocorrem sobreposição entre as partes mutadas não conseguem se reproduzir na cepa da bactéria utilizada quando misturadas. Assinale qual alternativa não está correta:

     a. Os mutantes um, dois e três conseguem se reproduzir;
     b. Os mutantes um, três e quatro não conseguem se reproduzir;
     c. Os mutantes dois, quatro e seis conseguem se reproduzir;
     d. Os mutantes um, dois, quatro e seis não conseguem se reproduzir;
     e. NDA

01-2011 - MO640 - Questão para a prova oral

Existe um processo que pode ocorrer, e geralmente ocorre na formação dos gametas, que se chama crossing-over.

1. Este processo ocorre apenas durante a mitose;
2. Este processo é conhecido como recombinação e significa a troca de material genético entre os cromossomos homólogos;
3. Este processo normalmente ocorre na meiose;
4. Este processo garante que o DNA de uma célula seja replicado e transferido para uma nova célula para que contenham material genético idêntico uma da outra.

1. Apenas a alternativa I está correta;
2. Alternativas I e II estão corretas;
3. Alternativas II e III estão corretas;
4. Alternativas III e IV estão corretas;
5. NDA.